Durant les années 1990 et 2000, de plus en plus de travaux empiriques ont été menés par les chercheurs en économie. Ces derniers se consacrent en particulier à l’économie du travail, à l’économie de l'éducation ou encore à l’économie du développement. L'économétrie appliquée gagne notamment du terrain en lien avec les recherches autour de l'inférence causale et la diffusion de protocoles de recherche comme la méthode des variables instrumentales, la méthode des doubles différences ou encore la régression sur discontinuité. Les travaux de David Card sur l'effet de l'immigration sur le marché du travail ou de David Card et Alan Krueger sur l'effet du salaire minimum sur l'emploi témoignent de ces formes nouvelles de recherche.
Depuis les années 1980, la nouvelle économie keynésienne prend de plus en plus de place. Il s’agit d’un courant de pensée économique qui s’oppose à la nouvelle économie classique et qui tente de donner des fondements microéconomiques solides à la macroéconomie de la synthèse néoclassique. Joseph Stiglitz est l'un de ses représentants les plus connus. En 2008, le Président de la République française, Nicolas Sarkozy, lui a confié une mission de réflexion sur le changement des instruments de mesure de la croissance française.
Par ailleurs, les économistes d’aujourd’hui s’intéressent tout spécialement aux défaillances des marchés, notamment suite à la crise économique de la fin des années 2000. Ils constatent que la poursuite des intérêts particuliers ne favorise pas systématiquement l'intérêt général. Il y a défaillance du marché lorsque le marché échoue dans l'allocation optimale des ressources économiques et des biens et services. Au-delà des situations de monopole, ce concept amène à s’intéresser aussi, par exemple, aux situations dans lesquelles coexistent chômage et pénurie de main d'œuvre (logements vides et personnes sans logements etc.). La notion de défaillance est très politique. Elle suscite donc des controverses car elle permet de légitimer des interventions politiques visant à « corriger », voire à supprimer, le marché.
Néanmoins, de nombreux économistes l'utilisent, mais cela surtout dans les situations dans lesquelles le fonctionnement réel d'un marché donné s'éloigne significativement du marché idéal. Cela s’explique par des structures de marché sous-optimales (manque de transparence, délais etc.), par la non internalisation de coûts et par des inefficiences de prix (non prise en compte de l'information par les prix) dues à des biais comportementaux.