La Cour des comptes est une juridiction financière de l'ordre administratif. Sa mission principale est de contrôler la régularité des comptes publics, de l’État, des établissements publics nationaux, des entreprises publiques, de la sécurité sociale, ainsi que des organismes privés bénéficiant d'une aide de l’État ou faisant appel à la générosité du public.
Selon l'article Ier de la loi du 22 juin 1967, aujourd’hui codifié au Code des juridictions financières : « La Cour des comptes juge les comptes des comptables publics ».
La Cour des comptes a six chambres composées d’un président de chambre, de conseillers maîtres, de conseillers référendaires, d’auditeurs, de rapporteurs et d’experts. La Cour est présidée par un premier président. Tous les membres de la Cour des comptes sont des magistrats, à ce titre indépendants et inamovibles. Au grade d’auditeur de 2e classe, le recrutement se fait exclusivement parmi les élèves les mieux classés issus de l’ENA, comme pour le Conseil d’État ou l’Inspection générale des Finances.
Dans les faits, les missions de la Cour des comptes ressemblent plus à des missions administratives de contrôle qu’à des missions juridictionnelles. En effet, le jugement des comptes des comptables publics n’a nullement pour objet de régler un litige, mais de sanctionner, de manière automatique, les erreurs des comptables publics dans l’établissement de leur compte. Un « arrêt » de la Cour des comptes n’a donc aucune portée contentieuse. Il s’agit seulement de sanctionner disciplinairement une erreur.
Une telle fonction disciplinaire ressemble à celle du supérieur hiérarchique d’un agent dans la fonction publique, qui peut sanctionner les erreurs de ses subordonnés.
Par ailleurs, la Cour des comptes a pour mission de certifier les comptes de l’État. Cette mission place la Cour au cœur de la réforme des finances de l’État.
