Sans doute parce qu’il était (plutôt à tort) soupçonné d’athéisme, Spinoza a entrepris de rédiger en 1665 un ouvrage défendant la liberté de philosopher. Le Traité théologico-politique soutiendra ainsi la thèse selon laquelle la « liberté de philosopher » n'est contraire « ni à la piété ni à la paix et à la sécurité de l'État »
Les quinze premiers chapitres ont pour objet le conflit opposant la théologie et la philosophie, la croyance religieuse et la raison. Spinoza y propose une méthode de lecture de la Bible qui, s’appuyant sur l’écriture seule (sola scriptura), établit que l’enseignement biblique a moins pour objet la nature de Dieu que l’exhortation à la justice et à la charité envers son prochain. Les opinions divergentes sur la nature de Dieu ne seraient donc pas contraires à l’écriture, seuls les actes immoraux le seraient.
Les quatre derniers chapitres du Traité théologico-politique abordent plus directement la question politique. Si l’État naît d’un pacte lors duquel les individus transfèrent leur puissance à un corps collectif, si « le souverain auquel par droit tout est permis ne peut violer aucun droit des sujets », cela signifie-t-il que les individus, en consentant à vivre en société, renoncent à leur liberté de pensée ? La réponse de Spinoza est remarquable : quand bien même l’État l’exigerait ou les individus le désireraient, ces derniers ne peuvent se déposséder de leur pensée. Ainsi un pouvoir qui prétend commander les opinions de ses sujets sera-t-il nécessairement violent et tyrannique.
La cour de Hollande condamnera en 1674 le Traité théologico-politique.
