C’est contre la tradition antique et scolastique (philosophie du Moyen Âge) que Descartes forge la théorie de l’animal-machine : les mouvements du corps ne dépendent pas d’une âme qui y serait présente mais leur fonctionnement peut s’expliquer par analogie avec une machine : « Je désire que vous considériez que ces fonctions suivent toutes naturellement, en cette Machine, de la seule disposition de ses organes, ni plus ni moins que font les mouvements d'une horloge ou autre automate, de celle de ses contrepoids et de ses roues », écrit Descartes à la fin du Traité de l’homme (1633).
L’âme ne peut être expliquée de manière mécanique ; mais il n’est pas certain que les animaux possèdent une âme. Cette théorie est au fondement de la physiologie animale qui se développe à l’époque (Harvey). Elle a été radicalisée au XVIII$^e$ siècle, par La Mettrie, qui affirme à ce point le mécanisme qu’il juge la distinction entre le corps et l’âme comme inutile et encombrante. Pour le Baron d’Holbach (Système de la nature, 1770), la seule différence entre l’homme et l’animal est la complexité de leur organisation, et non une quelconque âme.
Mais la théorie mécaniste de l’animal a ses adversaires. Leibniz soutient que la complexité infinie des organismes vivants et le fait qu’ils soient doués de sensation montrent qu’ils ont en eux un principe spirituel. Quand à Condillac, il réfute la théorie cartésienne : les bêtes aussi sont douées de sensation et la différence entre l’âme des bêtes et celle des hommes n’est qu’une différence de degré.
