Les micro-organismes sont des êtres vivants invisibles à l’œil nu. On les classe en 5 familles : les algues microscopiques, les protozoaires, les virus, les bactéries et les champignons microscopiques (Mycètes). 

Les algues, protozoaires et mycètes ont une structure cellulaire de type eucaryote. La cellule eucaryote a une structure complexe, elle possède un noyau contenant des chromosomes et délimité par une membrane nucléaire ainsi que de nombreux organites (appareil de Golgi, mitochondries, réticulum endoplasmique, ribosomes).

Les bactéries ont une structure cellulaire dite procaryote. La cellule procaryote n’a pas de noyau mais un seul chromosome. Sa structure est rudimentaire, elle possède comme seuls organites des ribosomes et des inclusions.

La plupart des familles de micro-organismes comportent des espèces responsables de maladies. (ex : le virus de la grippe, le candida albicans responsable de mycose). 

Cependant tous les micro-organismes ne sont pas pathogènes. Certaines espèces sont utilisées dans l’industrie agro-alimentaire (bacille lactique, levure de bière...) et d’autres dans l’industrie pharmaceutique comme certaines espèces de pénicillium (moisissures) pour fabriquer la pénicilline.