Une fois dans l'organisme, les bactéries peuvent se développer rapidement et provoquent des maladies infectieuses : c’est le pouvoir pathogène. Certaines bactéries sont dites opportunistes, elles sont dangereuses quand l'organisme est immunodéprimé.

Certaines bactéries ont un pouvoir toxique comme le Clostridium botulinum et le clostridium tetani. D’autres ont un pouvoir invasif comme Escherichia coli ou les salmonelles. Certaines bactéries ont les 2 pouvoirs comme la bactérie responsable de la gangrène.

Les bactéries pathogènes sont capables d'infecter l'organisme par différentes voies : voie respiratoire, voie cutanée, voie digestive, voies sexuelle ou sanguine.

La contamination par une bactérie provoque une infection qui se fait en 4 phases : phase d’incubation, phase d’invasion, phase d’état, phase de convalescence. 

L’infection bactérienne peut progresser en différents niveaux :

  • 1er temps : l’immunité non spécifique rentre en jeu : une infection locale va se créer au niveau de la peau et une réaction inflammatoire avec la phagocytose se crée.
  • S'il y a un échec des 2 premières lignes de défense, il se produit le 2e temps : l’immunité spécifique : les lymphocytes et les anticorps vont stopper la progression des bactéries.
  • Si cette 3e ligne de défense échoue, c’est l’infection généralisée comme la septicémie. 

Les antibiotiques sont le traitement prescrit en cas d’infection bactérienne. L’antibiotique approprié à la bactérie cible est choisi grâce à l’antibiogramme.