Certains aliments contiennent naturellement des substances toxiques. Par exemple, le soja contient des substances inhibitrices la trypsine (STI). Ces substances conduisent à une diminution de l’activité trypsique et réduisent donc la digestibilité des protéines. La présence des toxines peut être également due à la bioaccumulation de planctons toxiques (métaux lourds) chez les poissons et les coquillages.
Un défaut d’hygiène peut aboutir à la présence de bactéries productrices de toxine dans les aliments. La toxine botulique peut par exemple conduire à une neurotoxicité.
L’utilisation de produits phytosanitaires peut également avoir un effet toxique sur l’organisme. Les insecticides organophosphorés, en inhibant l’acétylcholine estérase, entraînent une exocytose importante d’acétylcholine, d’où une hyperstimulation des récepteurs cholinergiques, qui peut aboutir à la mort de la cellule par excitotoxicité.
Les antibiotiques utilisés dans les élevages d’animaux peuvent mener à l’augmentation de l’antibiorésistance des micro-organismes pathogènes et fragiliser les traitements par antibiotique.