Selon Descartes, la raison est « la puissance de bien juger et de distinguer le vrai ou le faux » (Discours de la méthode). Le bon usage de la raison est au principe de notre connaissance.

La raison – ou bon sens – est « naturellement égale en tous les hommes » : 

la diversité de nos opinions ne vient pas de ce que les uns sont plus raisonnables que les autres, mais seulement de ce que nous conduisons nos pensées par diverses voies et ne considérons pas les mêmes choses. Ce n'est pas assez d'avoir l'esprit bon, le principal est de l'appliquer bien.

Il y  a donc, selon Descartes :

  • une égale possession, de droit, de la raison comme faculté ;
  • mais un inégal usage de la raison, de fait.

Cet inégal usage provient à la fois de la manière dont on emploie la raison et de ce sur quoi on l'applique (les objets). Dans les Principes de la philosophie (I, 71), Descartes propose une généalogie des erreurs en s'attardant sur ce temps où « nous n'étions pas capable de bien juger » :

  • dans un premier temps, celui de la première enfance, la raison « ne s'applique à autre chose qu'à ce qui causait dans le corps quelque impression » : la pensée se résume à la sensation et ne fait pas de différence entre l'intériorité et l'extériorité ;
  • dans un deuxième temps, celui des premiers désirs, la pensée se tourne vers le monde extérieur, mais ne le considère qu'en fonction de ce qui est utile ou nuisible au corps : elle n'accorde de réalité qu'à ce qui touche le corps.

Telle est, selon Descartes, l'origine des « préjugés » qui, par habitude, se prolongent jusqu'à l'âge de raison et nous empêchent de concevoir correctement le monde.

La raison est donc moins un instinct, dont le mode d'emploi serait immédiatement présent à l'esprit, qu'une faculté qui ne se développe qu'avec de l'exercice. Mais encore faut-il bien l'exercer, et tel est l'enjeu, pour Descartes, de la « méthode ».