Les agents pathogènes, responsables de maladies, sont très variés (virus, bactéries...). Ils présentent cependant pour point commun d'utiliser l'organisme de l’hôte comme leur milieu biologique et d'y provoquer des dégâts observables (appelés symptômes).
Alors que certains agents pathogènes sont transmis par contact ou par l'air. D'autres, dans le cas de maladies vectorielles, sont transmis par l'intermédiaire d’animaux au sein desquels les pathogènes se multiplient et se développent.
Les pathogènes sont ainsi regroupés dans des réservoirs (humain, animal...) et peuvent être transmis plus ou moins rapidement, ce qui cause des épidémies. Les porteurs sains sont des hôtes de pathogènes qui ne présentent pas de symptômes mais qui peuvent transmettre le pathogène.
Par ailleurs, des modifications de l’environnement (notamment le changement climatique) peuvent modifier la répartition des agents pathogènes qui peuvent coloniser de nouvelles zones du globe.
Ainsi, la bonne connaissance des agents pathogènes et de leurs modes de transmission permet de mettre en place des stratégies individuelles et collectives (règles d'hygiène, protection, vaccination...) efficaces pour lutter contre les épidémies.
