Les bactéries sont capables d'infecter l'organisme par différentes voies : voie respiratoire, voie cutanée, voie digestive, voie sexuelle ou sanguine.

Une fois dans l'organisme, les bactéries peuvent se développer rapidement. Généralement les phases de l'infection sont les suivantes : 

- Phase d'incubation : c'est la période comprise entre la contamination et le début des symptômes.

- Phase d'invasion : où les bactéries peuvent se multiplier dans l'organisme

- Phase d'Etat : où les symptômes sont les plus importants

- Phase de déclin :  cette phase est marquée par la diminution du nombre de micro-organismes et le début de la convalescence.

Les bactéries peuvent sécréter des toxines particulièrement dangereuses pour la santé humaine.

Certaines bactéries sont dites opportunistes, elles sont dangereuses quand l'organisme est immuno-déprimé.

Les infections bactériennes peuvent déclencher des réponses immunitaires spécifiques ou non spécifiques.