La science du classement des individus est appelée taxonomie ou systématique. Un classement d’individus consiste à former des groupes d’individus qui se ressemblent selon des critères prédéfinis et à éliminer ceux qui s’en distinguent. Ces groupes sont appelés des taxons.
Dans cette classification, le taxon de base est l’espèce. Ce taxon est relativement bien défini chez les espèces à reproduction sexuée. L'espèce se définit alors comme une communauté d'êtres vivants naturellement interféconds. En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches en matière de caractère phénotypique de la souche type pour être incluses au sein de la même espèce. Par exemple, la coloration de GRAM est un test qui permet de différencier deux grands groupes de bactéries (les GRAM + et les GRAM -). Des tests supplémentaires (métabolisme glucidique, protéique, …) permettent d’identifier une bactérie.
Les champignons se séparent en deux grands groupes, les levures et les moisissures. Les levures ont un mode de vie principalement unicellulaire, les moisissures ont principalement un mode de vie pluricellulaire.
