Avant tout traitement de stabilisation, un aliment n’est jamais stérile, il contient des micro-organismes de l’ordre de 100 à 10^9 UFC/g. Ces micro-organismes peuvent avoir une origine endogène ou une origine exogène.

  • Les flores endogènes sont présentes initialement dans ou sur le produit. Il s'agit de la flore commensale de l'organisme à partir duquel l'aliment est issu. Les végétaux présentent une flore adaptée (ex : présence de levure sur le raisin). Pour les produits d'origine animale, on retrouve toujours la flore commensale de l'animal (ex : le lait de vache se contamine lors du passage au travers des canaux galactophores).
  • Les flores exogènes proviennent du milieu extérieur (environnement ou par l'homme). Un produit peut par exemple être contaminé lors de sa manipulation dans un atelier de fabrication.

L’évolution de ces flores va dépendre de la composition chimique du produit, de sa structure (ex : protégé par une coquille) et des conditions environnementales (T°C, aw, pH).
Certaines flores sont responsables de l’altération de la qualité marchande du produit : modification du goût, de la texture ou encore de l’aspect esthétique.
La présence de flore entraînant l’altération de la qualité sanitaire est évaluée par l’intermédiaire d’un indicateur de contamination fécale (ex : enterobactéries).