Certains micro-organismes présentent des caractéristiques intéressantes pour l’industrie de la fermentation. Les principales flores utiles sont présentées ci-dessous :
- Les bactéries lactiques se caractérisent par la capacité de fermenter les glucides en acide lactique, un acide faible, favorable à la conservation des aliments. Les bactéries lactiques produisent une grande variété de peptides ayant une activité antibactérienne. Ces molécules appelées bactériocines sont utilisées pour assurer la sécurité sanitaire des produits laitiers.
- Présentes naturellement sur les fruits, dans l'air, dans le vin, les bactéries acétiques appartiennent, en majorité, au genre Acetobacter. Gluconobacter est présente sur les fruits et dans les vins pendant la fermentation alcoolique.
- Les levures telles que saccharomyces cerevisiae sont utilisées dans des processus de panification ou de fermentation alcoolique (bière). Elles peuvent également être utilisées pour la production de vitamines, d’enzymes ou de biocarburant.
- Les moisissures sont connues principalement en tant qu’agents responsables de l’altération des aliments. Elles sont cependant utiles pour la production d’antibiotiques (Penicillium chrysogenum, Cephalosporium acremonium), d’enzymes (Aspergillus niger), d’acide citrique (Aspergillus niger), de protéines alimentaires (Fusarium graminearum).
Les souches utilisées peuvent être améliorées par des techniques de types mutagénèse ou par la fusion des protoplastes.
