Henri de Navarre, petit-neveu de François Ier est un prince protestant. Le protestantisme est né au début du XVIe siècle sous l’impulsion d’un moine allemand, Luther. Il critique notamment le système d’indulgences (pardon des péchés accordé par l’Église en échange d’une somme d’argent) et se retrouve excommunié par le Pape en 1521. Il fonde une nouvelle Église : l’Église protestante. Ce mouvement va se répandre en France avec Jean Calvin. À partir de 1562, des guerres de religions vont sévir dans le royaume de France entre catholiques et les protestants. Les violences se multiplient et le massacre de la Saint-Barthélemy en est un flagrant exemple. Dans la nuit du 23 au 24 aout 1572, les chefs de protestants sont assassinés sur l’ordre du roi. Dans les jours qui suivent, ce sont des milliers de protestants qui sont tués dans toute la France. Pour échapper aux tueries, Henri de Navarre abjure son protestantisme avant d’y revenir une fois le danger écarté.
À la mort d’Henri III, c’est Henri de Navarre, son plus proche parent, qui succède au trône en 1589. Il devient Henri IV. Les catholiques refusent de l’autorité d’un roi protestant, ce qui amène Henri à se convertir au catholicisme après plusieurs années de conflits. Il est sacré roi en 1595. Henri IV peut alors se consacrer à la restauration du pays qui a souffert des guerres. Son ministre des Finances, le duc Sully, redresse les comptes du royaume en modernisant l’agriculture, en favorisant les échanges avec de nouvelles routes et des canaux. Henri IV met également fin aux guerres de religion en 1598, en signant l’édit de Nantes. Il fixe une coexistence entre les deux religions, une certaine tolérance. Il permet aux protestants qui ont fui de revenir dans le royaume et instaure des « places de sureté ». Le culte protestant est légal mais ne peut pas s’exercer partout, comme à la Cour.
