Les guerres entre cités sont nombreuses dès la période archaïque. En effet, le recours à la guerre est systématique en Grèce puisque les cités ont un très fort penchant pour la compétition sous toutes ses formes. Cependant, la première guerre d’ampleur de l’époque classique est défensive : il s’agit de se prémunir de l’avancée perse achéménide qui vise à mettre sous tutelle l’ensemble des cités grecques comme celles de Ionie, déjà soumises. Ces guerres dites médiques commencent par l’expédition de Darius défaite par les Spartiates et les Athéniens à Marathon, sur terre (490).
En 486, à la mort de Darius, son successeur nommé Xerxès reprend le projet. La conquête de la Grèce doit être la campagne emblématique qui le distinguera de son prédécesseur. En réponse, certaines cités grecques s’unissent dans une alliance défensive. En 483, à Athènes, Thémistocle convainc les Athéniens d’utiliser des mines d’argent à peine découvertes (les mines du Laurion) afin de fabriquer la plus grande flotte de Grèce. En 480, Athènes dispose de 200 trières qui sont à l’origine de sa puissance au Ve siècle. Ils triomphent lors des victoires de Salamine et d’Himère sur mer (480) et de Platées sur terre (479). De façon inattendue, la trentaine de cités grecques a réussi à repousser le géant perse. Ce conflit plus que tout autre a participé à créer un sentiment d’appartenance chez les Grecs mais elle donne à Athènes une puissance démesurée qui s'illustre par son désir d’hégémonie sur l’ensemble des cités grecques.
Face à la démesure d’Athènes, qui est à la tête de la ligue de Délos, originellement créée pour faire face aux Perses mais en réalité utilisée comme instrument de puissance, les alliés se révoltent. Les opposants (Sparte, Corinthe), quant à eux, se fédèrent. La guerre du Péloponnèse éclate (431), il s'agit là d'un conflit armé de grande envergure. À la différence des guerres médiques, les cités grecques se battent entre elles, soit pour obtenir l’hégémôn, soit de peur de perdre leur autonomie, mise en péril par la puissance athénienne toujours plus intransigeante. Au terme de nombreuses batailles alternée de trêves :
- La guerre d’Archidamos (431-421) ou guerre de dix ans,
- La paix de Nicias (421-413) (en fait surtout une guerre larvée par cités interposées)
- La guerre de Décélie (413-404/01)
Athènes est vaincue en 404 et son régime démocratique est discrédité.