Las universidades fueron muy importantes durante el Siglo de Oro porque proporcionaron un vivero considerable de empleados de la administración y de la política que oficiaron tanto en la España peninsular como en las Indias.
Además constituían un espacio privilegiado de propaganda del catolicismo.
Las universidades más famosas eran la de Salamanca y la de Alcalá de Henares.
Fundada en 1218, la Universidad de Salamanca es la universidad más antigua de España después de la de Palencia que se quedó en funcionamiento solo algunos años (o que se trasladó a Valladolid, no se sabe bien). Entonces, se trata de la Universidad española más vieja que sigue hoy en día en funcionamiento.
La Universidad de Salamanca estaba especializada en derecho y teología, las dos fuentes de trabajo más importantes de la época. Los estudios de derecho permitían efectivamente formar a los miles de estudiantes que se querían dedicar a carreras de juristas, burócratas y funcionarios destinados a gestionar las nuevas tierras de América. En cuanto a los teólogos, tomaron parte directamente en el Concilio de Trento.
El modo de enseñar era muy tradicional basándose en la escolástica medieval.
Sin embargo, fue un crisol para la difusión de las ideas humanísticas. Por ejemplo, algunos profesores tuvieron una influencia muy importante en los debates sobre los derechos de los indios y de manera general los derechos humanos, la moralidad en el comercio, la legitimidad de la Conquista. Uno de ellos es Francisco de Vitoria que fundó el derecho internacional y es un precursor de los derechos humanos. Pensaba que la Conquista era ilegítima. Esta corriente de pensamiento hoy se llama la Escuela de Salamanca.
La Universidad de Salamanca era importante también porque allí enseñó el famoso poeta Fray Luis de León. Fray Luis de León que participó en los trabajos de adopción del actual calendario gregoriano es conocido por formar parte de una escuela literaria (la Escuela literaria salmantina) bastante realista y que abogaba por precisión y concisión en la escritura. En cambio, la escuela de Sevilla prefería un estilo más barroco, sensual, grandilocuente.
Los edificios se repartían en Escuelas Mayores y Escuelas Menores, según la importancia de la enseñanza. La fachada plateresca (entre gótico y renacimiento) de la Escuela Mayor de Salamanca es muy famosa.
