Dans le livre Ε de la Métaphysique, Aristote distingue trois sciences théoriques selon leur objet :
- la physique qui porte sur les substances mobiles et non séparées de la matière ;
- les mathématiques qui portent sur des substances immobiles et qui n'existent pas séparément de la matière ;
- la théologie qui porte sur un être immobile et séparé de la matière.
Cette classification implique une critique de la position de Platon. Pour Aristote, il n’est pas possible de penser les réalités mathématiques, ou les idées, comme séparées des choses sensibles. Si les idées étaient séparées, on s’explique mal comment elles pourraient rendre compte des choses sensibles car le principe d’une chose doit exister dans cette chose même (Α 9).
Le monde physique peut, selon Aristote, être divisé en deux parties :
- le monde supralunaire, monde des astres en mouvement, mais incorruptibles et nécessaires ;
- le monde sublunaire, monde des réalités en mouvement, corruptibles et contingentes.
Mais toutes ces réalités se distinguent à leur tour du premier moteur immobile, le Dieu, qui est cause finale du mouvement des réalités en étant l’objet de leur désir. Le premier moteur est absolument en acte, il est parfaitement achevé en lui-même ; les autres réalités sont en partie en puissance : c’est-à-dire qu’une partie d’eux-mêmes n’existe pas actuellement, mais seulement virtuellement, comme la statue dans le marbre encore non travaillé.
Le monde physique n’est toutefois pas un simple flux. Il est composé de noyaux de stabilité qu’Aristote nomme des substances (ousia). La substance désigne ce qu’est une chose (son essence ou sa définition) et la chose déterminée, le ceci dont on prédique des attributs. Il faut donc distinguer entre la substance, qui lorsqu’elle est modifiée entraîne la corruption de la chose, et les accidents, qui peuvent être détruits sans que la chose soit elle-même détruite (qualité, quantité, relations...).
Aristote examine plusieurs candidats à la substance : après avoir montré que la matière, substrat constant du changement, ne peut être la substance car, en tant que telle, elle est indéterminée, Aristote semble soutenir que ce qui est vraiment une substance, ce sont les individus physiques, composés de matière et de forme.