Selon Descartes, la première règle de la méthode souligne que, pour rechercher la vérité, il faut commencer par rechercher une méthode et donc une manière adéquate de conduire sa raison.

La deuxième règle de la méthode est essentielle :

« il ne faut accorder sa créance qu'à des choses qui sont parfaitement connues et dont on ne peut douter » (Règles pour la direction de l'esprit, II).  

Cette règle implique la mise en place d'un doute méthodique, qui consiste à révoquer, par un acte libre de la volonté, l'ensemble des opinions que l'on a sur soi et le monde :

  • d'abord, toutes les certitudes sur le monde extérieur, à partir du fait qu'il est impossible de distinguer la veille du rêve ;
  • ensuite, toutes les certitudes mathématiques, qui pourtant sont simples et résistent au premier doute, mais que Descartes dissout par le recours à un « Dieu trompeur » : par sa puissance, Dieu aurait pu faire qu'il n'existe aucun monde, aucune réalité mathématique, et que pourtant j'en aie des idées - à ce stade est douteux tout ce dont l'esprit ne peut être certain ;
  • enfin, l'hypothèse d'un « malin génie », fiction de la volonté par laquelle elle nie tout ce qu'elle peut nier.

Cette dernière hypothèse révèle toutefois l'expérience de la pensée elle-même : la pensée ne peut douter sans savoir qu'elle doute, la négation implique l'existence de l'acte de nier et du sujet qui nie :

« Il n’y a donc point de doute que je suis, s’il me trompe ; et qu’il me trompe tant qu’il voudra il ne saurait jamais faire que je ne sois rien, tant que je penserai être quelque chose. De sorte qu’après y avoir bien pensé, et avoir soigneusement examiné toutes choses, enfin il faut conclure, et tenir pour constant que cette proposition : Je suis, j’existe, est nécessairement vraie, toutes les fois que je la prononce, ou que je la conçois en mon esprit. »

Selon Descartes, il est possible, à partir de cette proposition évidente, de construire un savoir universel du réel. Celui-ci implique :

  • la décomposition des éléments composés en leurs éléments simples (analyse) ;
  • puis la recomposition des éléments simples en éléments composés (synthèse).

La connaissance des éléments simples se nomme « intuition », qui est :

« la conception de l'esprit pur et attentif, conception si facile et si distincte qu'il ne reste absolument plus aucun doute sur ce dont nous avons l'intuition ».

Elle porte sur des choses « évidentes » par elles-mêmes, distinctes et non confuses, qui peuvent être définies et supposent une absence de « précipitation ».

La déduction s'assure de la vérité des choses composées : par « un mouvement continu et nulle part interrompu de la pensée qui saisit nettement chaque chose en particulier », elle s'assure que « de principes vrais et connus » sont conclues d'autres vérités qui forment la science.