L'anthropologie de Lévi-Strauss se fonde sur un postulat méthodologique important : le relativisme. Ce relativisme ne nie pas la science, mais est la condition du discours anthropologique (qui, étudiant la différence entre les cultures, suppose la différence culturelle) : un système symbolique ne se comprenant que dans la comparaison avec les autres, il n'est qu'une variante d'un ensemble de cas possibles et axiologiquement équivalents.
Le relativisme s'applique ainsi :
- Au sens moral : il n'y a pas de sociétés plus évoluées ou « meilleures » que l'autre : contre l'ethnocentrisme ;
- Au sens épistémique : aucune société ne doit fournir le point de référence, les concepts qui domineraient le savoir.
La réfutation de l'ethnocentrisme s'appuie sur son auto-contradiction performative : dire qu'il existe une société supérieure et que les « autres » sont des barbares ou des sauvages revient à s'identifier aux autres : presque toutes les sociétés distinguent les membres de la société des autres, qui ne sont pas considérés comme pleinement humain (Race et histoire, ch. III).
Une telle position semble détruire la position même de l'anthropologue, qui cherche à faire une science, et même une science de l'universel. Peut-on faire de la science tout en affirmant le relativisme culturel ?
Pour répondre à ce problème, Lévi-Strauss insiste sur l'importance du doute, dans la rencontre avec la société étrangère :
la recherche sur le terrain, par quoi commence toute carrière ethnologique, est mère et nourrice du doute, attitude philosophique par excellence. Ce « doute anthropologique» ne consiste pas seulement à savoir qu’on ne sait rien, mais à exposer résolument ce qu’on croyait savoir, et son ignorance même, aux insultes et aux démentis qu’infligent à des idées et à des habitudes très chères, celles qui peuvent les contredire au plus haut degré. (« Le champ de l'anthropologie »)
La rencontre de l'autre transforme l'anthropologue lui-même et c'est dans cette distance, cette étrangeté que se conquiert son objectivité ou son « universel latéral » (Merleau-Ponty). Le terrain ethnographique trouble l'évidence qui s'attache à nos propres coutumes :
À les mieux connaître, nous gagnons pourtant un moyen de nous détacher de la nôtre, non point que celle-ci soit absolument ou seule mauvaise, mais parce que c'est la seule dont nous devions nous affranchir. (Tristes tropiques, ch. XXXVIII).
L'anthropologie assume ainsi une fonction pratique tout autant que théorique.