Dans L'évolution des espèces (1859), Darwin a repensé l'évolution (contre Linné, Lamarck et Buffon) au sein du vivant en mettant en avant le mécanisme de la sélection naturelle, qui repose sur deux processus:
- un processus de variation des formes du vivant, qui produit de la différence;
- un processus de sélection de ces formes, en fonction de celles qui sont le plus aptes à procurer la survie dans un milieu donné (pour Darwin, le milieu est essentiellement composé des autres vivants).
La combinaison de ces deux processus donne lieu à de beautiful coadaptations: des adaptations harmonieuses entre le vivant et son milieu.
Il faut noter que:
- pour Darwin, la sélection naturelle est une hypothèse, hautement probable plutôt qu'une théorie, cette hypothèse est confirmée par sa capacité à expliquer un grands nombres de faits variés (la distribution géographique des espèces, les ressemblances morphologiques, la descendance des espèce, etc): comme le dit Darwin dans une lettre, l'hypothèse "connecte sous un point de vue intelligible un ensemble de faits";
- l'idée de "sélection" est une analogie empruntée au domaine artificiel: celui de la selection opérée par les agriculteurs: la technique apparaît comme un modèle heuristique (Origine des espèces, ch. I);
- l'idée échappe à la fois à la téléologie (la variation se fait par hasard et le mécanisme de sélection n'est pas programmé dès le début) et au hasard absolu (il y a une certaine logique dans la sélection naturelle et elle produit de l'adaptation).
