Le blastocyste est un embryon à deux feuillets embryonnaires : épiblaste et endoblaste. Les mouvements morphogénétiques de la gastrulation permettent la mise en place du mésoderme, rendant l’embryon triblastique. Une étape majeure est la formation d’une ligne primitive, sous la forme d’une dépression dans l’épiblaste. Un centre inducteur, comparable au centre de Nieuwkoop, donc inducteur du mésoderme, se trouve à la jonction entre les tissus embryonnaires et extra embryonnaires. La sécrétion de morphogènes par ce centre inducteur induirait l’initiation de la ligne primitive à son voisinage. Cette ligne marque la région postérieure de l’embryon.
Les cellules de l’épiblaste, de type épithélial, deviennent de type mésenchymateuses, donc non polarisées et capables de migrer entre l’épiblaste et l’endoderme viscéral sous-jacent. Cette transition épithélio-mésenchymateuse est à l’origine des cellules mésodermiques et d’une partie des cellules de l’endoderme définitif. Cette transition s’effectuerait en trois parties :
- Une hyperpolarisation cytoplasmique avec une modification des jonctions cellulaires réduiraient l’adhérence des cellules et déformeraient localement la matrice extracellulaire le long de la ligne primitive ;
- Le détachement apical des cellules et la destruction de la matrice extracellulaire entraînent une dépolarisation cytoplasmique ;
- Les cellules, devenues mésenchymateuses, pourraient alors migrer via des intégrines.