La science politique a en commun avec les sciences sociales beaucoup de méthodes d’investigation qui se sont précisées avec le temps. Historiquement, les méthodes de la science politique ont évolué vers davantage de rigueur de l’analyse, vers davantage de scientificité, donc d’objectivité et d'empirisme. Les premiers penseurs de la politique, comme Thucydide, Platon ou Aristote, ont déjà choisi une attitude visant à établir les faits et à définir les concepts avec un souci de rigueur véritable. Machiavel, à la Renaissance, a préconisé la distinction fondamentale de la politique et de la morale, qui vaut en premier lieu à l’égard de ceux qui étudient la politique. Il a ainsi ouvert la voie à une réflexion sur les phénomènes politiques affranchie de considérations éthiques ou philosophiques.
Les fondateurs de la science politique moderne datent du début du XXe siècle. La science politique est ainsi née en même temps que et avec les sciences sociales, dont elle fait partie et auxquelles elles empruntent tant sous l’angle de l’objet que sous celui de la méthode. Émile Durkheim a établi les bases du raisonnement scientifique en sciences sociales dans Les Règles de la méthode sociologique (1885). Quant à Max Weber, dans Le savant et le politique, il a souligné le besoin de neutralité axiologique, donc la nécessité pour le chercheur ou l’étudiant de laisser de côté ses croyances et valeurs personnelles.
Par ailleurs, les chercheurs américains ont exercé une certaine influence. Leur méthode consiste à procéder à d’importantes études de terrain, ce qui a permis de marquer le territoire de la science politique parmi les sciences sociales. Ils utilisent les statistiques et même les mathématiques, ce qui permet de rendre plus scientifique la discipline et donc aussi plus légitime. La tradition française des sciences politiques a pour sa part favorisé les travaux plus qualitatifs, ce qui peut s’expliquer par le fait que les facultés de science politique sont apparues au sein des facultés de droit.
L’École libre des Sciences politiques (ancêtre de Sciences Po) a été créée en 1872 par Émile Boutmy. Son souhait était de former des praticiens de la chose publique (fonctionnaires, gouvernants etc.). La science politique est aujourd’hui reconnue comme un champ scientifique à part entière, avec ses propres règles de fonctionnement. Mais l’agrégation de science politique n’existe que depuis 1988.
