La médecine, d’un point de vue sociologique, ne peut qu’être étudiée en se plongeant au sein des institutions dans lesquelles elle se pratique. Classiquement, la sociologie de la santé s’est concentrée sur les hôpitaux, qui jouent un rôle essentiel dans l’histoire et la tradition sanitaires des pays développés. L’hôpital a été examiné par le prisme de théories et méthodes variées. On a, en particulier, insisté sur l’aspect collectif des soins et de la prise en charge. Au cours des années 1970, les recherches de Michel Foucault ou Erving Goffman se sont concentrées sur les moyens de contrôle social utilisés parmi les institutions hospitalières, en particulier dans le domaine de la psychiatrie. Outre les effets de stigmatisation liés à la maladie, les recherches interactionnistes ont mis l’accent sur les marges de négociation dont jouissent les différents acteurs de l’hôpital. D’autres études, s’appuyant sur l’analyse stratégique, envisagent l’hôpital telle une organisation vivant à base d’alliances et de conflits, où des acteurs aux intérêts divergents s’organisent pour faire valoir des finalités hétérogènes. Récemment, ce type de travaux s’est rapproché des recherches économiques ou gestionnaires relatives aux hôpitaux.
Par ailleurs, la protection sociale a augmenté l’importance de l’encadrement institutionnel et politique du secteur sanitaire. Des types différents de recherches se sont consacrés aux politiques publiques, notamment à celles touchant proprement certaines maladies.
Historiquement, les sociologues ont privilégié les objets d’étude situés à la limité du sanitaire et du social, à l’instar des grands « fléaux sociaux » comme l’alcoolisme ou le tabagisme. Or, les politiques publiques sont fortes dans ces domaines. Les politiques de combat de certaines pathologies, comme le cancer ou le sida, ont aussi attiré une attention sociologique forte. D’autres travaux se sont penchés sur l’organisation des systèmes de santé. Des études ont été consacrées aux relations entre l’État et les professionnels de santé, à l’assurance maladie ou au rôle des associations de malades.