Le dénombrement a pour but de déterminer le nombre de cellules par unités de volume. Le résultat s’exprime $C\rm _ {N ~(cellules ~;~ volume ~échantillon)}$. L’unité est le nombre de cellules par mL d’échantillon analysé. Plusieurs méthodes peuvent être utilisées :

En milieu solide : le principe est de mettre un volume d’échantillon soit en surface d’une gélose (ensemencement en surface) soit dans le fond d’une boîte de Petri suivi d’un coulage de gélose (ensemencement en profondeur). Après incubation, le nombre de colonies comptées (unité formant colonie UFC) représente le nombre de cellules présentes dans le volume d’échantillon. Des dilutions décimales sont réalisées si l’échantillon est trop riche en cellules.

Après incubation, la première étape est de valider la cohérence interdilution (facteur 10 entre le nombre de colonies entre chaque dilution). Exemple dilution $10^{-2}$ : 34 colonies et dilution $10^{-1}$ : 350 colonies : cohérence interdilution validée.
Si deux boîtes sont réalisées par dilution, il faut valider la cohérence interdilution.

L’exploitation du dénombrement est réalisée à l’aide d’une équation aux grandeurs qui varie selon le nombre de boîtes exploitables (en général ente 30 et 300 UFC par boîte) :

$C_ {N~ (\rm cellules~ ;~ volume ~échantillon)} = (N \times F)/V_{\rm inoculum ~dilué}$ (cas d’une seule boîte exploitable)

Par microscopie avec un cytomètre. Ce dernier est une lame avec un quadrillage intégré. Un volume d’échantillon y est introduit. Les côtes du quadrillage étant connus, il est possible de calculer le volume de la chambre de comptage (variable selon le type de cytomètre). Observées en microscopie, les cellules sont comptées en suivant une règle pour ne les compter qu’une seule fois. Les valeurs sont exploitées à l’aide d’une équation aux grandeurs qui tient compte du volume de la chambre de comptage :
$C_ {N ~(\rm cellules~ ;~ volume~ échantillon)} =$ (nombre de cellules dans $V_ {\rm suspension} \times F) ~/~ V_{\rm suspension}$

Par opacimétrie à l’aide d’un spectrophotomètre. L’opacimétrie est une méthode qui consiste à mesurer la lumière transmise dans la même direction que la lumière incidente. Le principe est basé sur la loi de Beer-Lambert. Elle estime le nombre de cellules dans un volume d’échantillon en mesurant l’atténuance D. L’exploitation des valeurs mesurées est réalisée soit par une gamme d’étalonnage ou par comparaison avec un étalon de contrôle.

Pour l’ensemble de ces méthodes, le résultat final est exprimé en tenant compte de l’éventuel facteur de dilution et de l’incertitude type composée, sous la forme :
$C_{ N ~(\rm cellule~ :~ échantillon)} = 3,0 \times 10^3$ cellules par mL d’échantillon ± (2 $\times$ $u_c$) avec 95% de confiance