En fonction de l’échelle à laquelle nous souhaitons observer l’organisme plusieurs méthodes sont disponibles.

L’étude de l’ensemble d’un organisme est appelée l’anatomie. Elle se pratique à l’œil nu lors d’examens cliniques mais aussi lors de dissections.

Puis il y a l’histologie qui est l’étude des tissus. En effet il existe 4 grandes familles de tissus : musculaire, nerveux, conjonctif et épithélial, que l’on peut distinguer au microscope optique. De nombreux microscopes permettent une étude approfondie, en trois dimensions des cellules et de leurs composants (microscope électronique à transmission, à balayage...)

Pour l’étude approfondie de l’organisme il faut faire appel à des techniques dites non-invasives ; c’est-à-dire ne pénétrant pas l’organisme pour ne pas
l’endommager. Par exemple lors de chocs il est possible d’observer une fracture par radiographie. Mais pour obtenir des résultats plus précis ou sous un angle particulier (en coupe) les techniques de l’imagerie par résonnance magnétique (IRM) ou le scanner sont aussi régulièrement utilisées. D’autres méthodes permettent de faire une étude dite dynamique puisque le résultat est observable en direct et la physiologie de certains organes peut être étudiée à ce moment-là. Nous pouvons citer ici l’échographie ou le doppler.