Le terme « biodiversité » est d’invention récente : c’est en 1986 que l’expression en langue anglaise « biological diversity » est contractée en « biodiversity », soit « biodiversité » en français. La biodiversité est définie comme la variabilité des organismes vivants ainsi que des complexes écologiques, c’est-à-dire les écosystèmes, dont ils font partie. Un écosystème est un ensemble formé par un milieu délimité dans l’espace, appelé biotope, et par l’ensemble des êtres vivants, appelé biocénose, qui y sont présents. Les deux éléments constituant l’écosystème, le milieu et les êtres vivants, sont en interaction permanente. La taille des écosystèmes est très variable : de quelques centimètres à plusieurs kilomètres.
Les études de la biodiversité utilisent le concept d’espèce. Ce concept, créé par l’homme, permet d’assigner à chaque être vivant un nom d’espèce. Le nom d’espèce est composé de deux noms accolés, comme Aptenodytes forsteri pour le manchot empereur.
L’espèce peut être définie comme un groupe d’êtres vivants capables de se reproduire entre eux et engendrant une descendance fertile. Cette définition dite biologique de l’espèce repose sur le critère d’interfécondité. Cette définition, bien que très souvent opérationnelle, présente cependant des limites. Ainsi, elle ne peut s’appliquer dans le cas des organismes fossiles. Dans ce cas, on peut utiliser une autre définition dite typologique de l’espèce, selon laquelle une espèce regroupe des individus qui se ressemblent. Cette définition utilise le critère de ressemblance. Mais, même muni de ces deux définitions de l’espèce, il peut s’avérer difficile dans certains cas de définir si des individus appartiennent à la même espèce ou à des espèces différentes.
En effet, l’espèce n'est pas une catégorie existant naturellement, mais un concept conçu par l’homme pour étudier et comprendre le vivant. Sur le terrain, les définitions de la notion d’espèce sont généralement opérationnelles, permettant d’estimer le nombre d’espèces observables et de les identifier, afin d’étudier la biodiversité.