Dans certaines régions du monde, y compris en France, l’intensification des pratiques culturales réalisées ces cinquante dernières années s'accompagne d'une dégradation de la qualité des sols. Le labour endommage les populations de vers de terre, réduit la diversité des êtres vivants du sol et accroît l’érosion des sols. Le fait de laisser les champs nus, sans couvert végétal pendant une longue période de l’année, ainsi que l’absence de haies favorisent le ruissellement et accroissent le lessivage des sols, c’est-à-dire l’entraînement par les eaux du ruissellement de la matière minérale du sol.
Le sol acquiert une structure compacte, peu aérée, appauvrie en humus, en air et retenant moins la matière minérale et l’eau. Dans certains cas, un excès d’engrais minéraux ou de lisier peut accroître l’entraînement de la matière minérale (en particulier les nitrates (NO3-) et des nitrites (NO2-) du sol par les eaux de pluie, qui rejoignent les nappes phréatiques. Ces pratiques culturales conduisent à une dégradation des sols, qui perdent leur fertilité : les espèces cultivées ont plus de mal à prélever la matière minérale indispensable à la production de leur biomasse et les rendements agricoles diminuent.
Plusieurs possibilités existent pour limiter l’impact négatif de ces pratiques culturales sur l’état des sols. Il est possible de limiter ou d’éviter le labour, de restaurer les haies, de recouvrir les sols par un couvert végétal adapté, de pratiquer de l’agroforesterie (mode d’exploitation agricole associant des arbres et des cultures ou de l’élevage), d’effectuer des rotations pertinentes de cultures pour enrichir le sol en azote, pour attirer davantage les pollinisateurs…