Les langues ne possèdent pas toutes les mêmes structures morphologiques et peuvent être classées selon leur typologie morphologique, c’est-à-dire selon la façon dont se forment les mots.
Il existe deux grands types morphologiques de langue : les langues dites isolantes et les langues dites flexionnelles.
Les langues « isolantes » (aussi appelées langues « analytiques ») ont pour particularité de ne pas faire subir de modification morphologique aux mots.
Les catégories grammaticales sont définies par l'ordre des mots (par exemple, le verbe et le sujet sont inversés dans les phrases interrogatives), ou par l'introduction de mots supplémentaires (par exemple, un mot pour « quelques » ou « de nombreux » au lieu d'une flexion pour le pluriel comme -s en français ou en anglais). Le vietnamien et le mandarin sont des exemples de langues isolantes.
Les langues dites « flexionnelles », à l’inverse des langues isolantes, font subir des modifications morphologiques aux mots. Les mots sont formés d’une base (une racine), à laquelle sont accolés un certain nombre de morphèmes supplémentaires. L’ordre des mots est moins important que dans les langues isolantes, car les mots encodent plus de significations. On distingue deux catégories de langues flexionnelles : les langues agglutinantes et les langues synthétiques.
Dans les langues agglutinantes, les morphèmes sont différenciables phonétiquement les uns des autres. Une langue agglutinante a tendance à avoir un plus grand nombre de morphèmes par mot, et à être extrêmement régulière. Dans les langues fusionnelles, il n'est pas toujours aisé de distinguer les morphèmes de la racine, ou les morphèmes les uns des autres. Plusieurs morphèmes peuvent avoir fusionné en un seul affixe, et les affixes peuvent à leur tour avoir interagi et fusionné.
Dans les langues synthétiques, il n'est pas toujours aisé de distinguer les morphèmes de la base du mot, ou les morphèmes les uns des autres, puisqu’un seul élément linguistique correspond à plusieurs éléments conceptuels. Plusieurs morphèmes peuvent avoir fusionné en un seul affixe, et les affixes peuvent à leur tour avoir interagi et fusionné. Les rapports grammaticaux sont marqués par des modifications internes.
On distingue également une quatrième catégorie : les langues dites polysynthétiques. Ces langues ont un nombre élevé de morphèmes par mot et une morphologie extrêmement régulière.