Les micro-organismes sont présents dans divers milieux : eau, air, être vivant…Parmi les micro-organismes qui vivent sur ou dans notre corps, tous ne sont pas pathogènes. Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes qui sont hébergés et nourris par leur hôte. Le microbiote coopère avec l’hôte et joue des rôles fondamentaux dans son fonctionnement :

  • Dans le domaine de l’immunité grâce à des propriétés anti-inflammatoires...

  • Dans la digestion

La population des micro-organismes du corps, présente dès la naissance, évolue au cours de la vie en fonction des habitudes alimentaires, et d'autres facteurs tels que la prise d'antibiotiques...Les microbiotes sont propres à chaque individu.

L'étude d'un microbiote permet de déterminer l'état de santé de son hôte et un lien existe entre population de micro-organismes et certaines pathologies. En agissant sur le microbiote, il serait donc possible d'imaginer des traitements.

Cependant, dans certains cas de déficiences immunitaires, les micro-organismes peuvent devenir pathogènes et créer des dégâts dans l'organisme.