Les plantes cultivées ont été sélectionnées au cours de l'histoire mais les caractéristiques retenues sont différentes de celles favorables dans la nature. Les plantes domestiquées, moins adaptées à un environnement variable, sont souvent plus sujettes aux maladies et sont dépendantes de l'Homme.
Alors que dans le passé, la sélection des plantes se faisait de manière empirique; les techniques actuelles d'hybridation et de génie génétique permettent la création très rapide de plants. Malgré la biodiversité liée à la création de variétés au sein d'une espèce cultivée, la domestication conduit globalement à un appauvrissement de cette biodiversité.
De nouveaux types de pratiques culturales, basés sur des études génétiques, sont imaginés afin de compenser certains inconvénients de l'agriculture.
La domestication des plantes résulte d'une relation étroite entre l'Homme et les plantes. D'un point de vue génétique, de la même manière que les plantes ont évolué sous l'influence de l'Homme, les populations humaines ont évolué en fonction des choix d'agriculture.
