Notre organisme est peuplé de cent mille milliards de bactéries vivant en symbiose et dont la diversité constitue un microbiote unique à chacun. Impliquées dans la digestion, la synthèse de vitamines, ou encore la défense de leur hôte, il est connu que l’absence de bactéries favorise le développement d’allergies. Les chercheurs de l’Institut Pasteur sont parvenus à expliquer ce phénomène et montrer comment le microbiote agit sur l’équilibre du système immunitaire : la présence de microbes bloque spécifiquement les cellules immunitaires responsables du déclenchement des allergies.
La théorie hygiéniste suggère un lien entre l’augmentation de la prévalence des maladies allergiques dans les pays industrialisés, et une baisse de l’incidence des maladies infectieuses dans ces pays. L’amélioration du niveau d’hygiène entraîne une diminution des contacts avec les microbes au cours de l’enfance. On constate que ces populations présentent plus d’allergies ou de maladies auto-immunes, comme le diabète de type 1 par exemple.
Depuis, des études épidémiologiques ont soutenu cette hypothèse en montrant que les enfants vivant au contact d’animaux fermiers, et donc de plus d’agents microbiens, développent moins d’allergies au cours de leur vie. À l’inverse, de manière corrélée, d’autres études ont prouvé que les souris, traitées dès les premiers jours de leur vie par des antibiotiques détruisant une partie de leur microbiote, développent une plus grande sensibilité aux allergies.
Plusieurs types de réponses immunitaires sont orchestrés pour défendre l’organisme. En la présence de microbes de type bactéries ou champignons, les cellules immunitaires sollicitées sont nommées de type 3. Ces cellules immunitaires s’organisent pour phagocyter et tuer les microbes. En revanche, lors d’une infection par des agents pathogènes de trop grande taille (des vers parasites, ou certains allergènes) ce sont les cellules immunitaires de type 2 qui interviennent pour expulser le pathogène, ou créer une allergie.
