Certains modèles agricoles ont un impact sur l’environnement. La plupart des produits phytosanitaires sont non biodégradables et toxiques pour la faune et la flore. Le labour traditionnel de certains agrosystèmes agricoles rend la terre imperméable. Ce qui a un impact négatif sur l’environnement.
L'agriculture appauvrit petit à petit les sols car les sels minéraux prélevés ne sont pas restitués au sol. De plus, même si tous les modèles agricoles n'ont pas le même impact sur l'environnement, la dégradation des sols est rapide et est causée par des facteurs multiples (pollution, surexploitation...).
Ainsi, dans un contexte d’augmentation de la population mondiale nécessitant le développement d’agrosystèmes, la gestion durable des sols et en particulier ceux dédiés à l'agriculture, constitue un enjeu colossal.
L'Homme, grâce aux recherches agronomiques, possède à la fois la connaissance du fonctionnement des agrosystèmes et la maîtrise technique lui permettant de concilier une agriculture productive avec une limitation des impacts sur l’environnement proche.