Dans certains usages, conséquence et conclusion sont confondues. Toutes deux désignent alors une proposition (ou un ensemble de propositions) déduite logiquement d’autres propositions, dites prémisses du raisonnement. Mais il est souvent important de les distinguer, afin de ne pas négliger le statut conditionnel de la conséquence, alors définie comme implication d’une proposition ou d’une hypothèse.
En effet, en forgeant des hypothèses, c’est-à-dire des conjectures destinées à être testées, l’intelligence humaine imagine des possibilités théoriques dont la vérification ou la réfutation enrichissent la connaissance. Or, pour tester une hypothèse (H), il faut souvent en formuler les conséquences (C). Ainsi se met en place un raisonnement hypothético-déductif de la forme : « si H est vraie, alors on devrait observer C dans telles conditions ». La conséquence est alors affirmée de façon conditionnelle dans une prémisse du raisonnement, et ne saurait être confondue avec la conclusion du raisonnement.
