Les habitats microbiens sont très diversifiés : un grain de terre, une roche, un brin d’herbe couché sur le sol. On trouve aussi des microorganismes à la surface de la peau et des muqueuses des animaux et de l’homme et sur les aliments.
En effet, dès la naissance, la peau et les muqueuses des animaux et de l’homme sont colonisées par une flore microbienne appelée commensale : elle trouve chez son hôte un abri, une chaleur et des éléments nutritifs sans provoquer de dommage ni de bénéfice à cet hôte. Certains de ces microorganismes commensaux peuvent devenir pathogènes.
